【プライマー設計／ＬＡＭＰ用プライマーの設計（2）】

■設計方法

詳しい内容は、定期セミナー（e-loopampセミナー）で配布している「ＬＡＭＰ法プライマー設計のポイント」資料をご覧ください。本資料は、セミナー参加者のみにご提供しておりますのでご了承お願いいたします。

プライマーセット生成のターゲットとなる塩基配列をファイルから読み込ませます。ファイル形式は、以下の塩基配列フォーマットに対応しています。
1）プレーンテキスト形式／2）FASTA形式／3）GenBank形式

[参照...] ボタンを押し、ご自分のパソコン上のターゲット配列ファイルをご指定ください。
[プライマー設計] ボタンを押しますと、プライマー設計画面へと進みます。

（１）

ターゲット領域を指定します。

（２）

表示するプライマー一覧のページを選択します。

（３）

プライマーセットを出力順序を指定します。

（４）

Tm値の設定ができます。

・F1c/B1c
・F2/B2
・F3/B3
・LF/LB

65℃前後
60℃前後
60℃前後
65℃前後

（５）

プライマー間距離

・F2から外側からB2領域の外側まで（LAMP法の増幅領域）が120から160baseになるように設定します。

・F2領域の5'末端からF1領域の5'末端まで（ループを形成する部分）は40から60baseになるように設定します。

・F2領域の5'末端とF3領域のの3'末端との間の距離は0から60baseになるように設定します。

（６）

GC含量の設定ができます。
・40〜65℃（できれば50〜60℃）